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プロポリスの製造過程は、メーカーによって異なり、どこまでを製造メーカーが担当しているかは、それぞれのメーカー次第です。製造過程はメーカーによっても異なるのですが、大まかな流れは次のようになります。

ミツバチの巣箱からプロポリスの原塊を剥がし採り、不純物の入っていない状態の良いものを選別または不純物を除去します。次に低温で乾燥させ、水分を除去したプロポリスは冷凍庫に補完されます。その後、原塊からプロポリスを抽出します。

プロポリスの抽出には、いくつかの方法がありますが、多くはアルコール抽出法を用います。食用エタノールの中にプロポリスの原塊を浸して、攪拌（かくはん）します。その後、それを置いておきます。また攪拌して寝かせる、これを数ヶ月繰り返します。この過程で見た目での不純物は取り除けます。そして、冷却して微細フィルターでろ過します。出来たプロポリスを検査して瓶詰めにするなど製品にします。